Notizie intorno a questo edificio si hanno già dal XII secolo, con la testimonianza della presenza di una chiesa denominata Sant’Andrea de Caballo, ma solo a partire dal XVI sec. si incontra il nome di Sant’Andrea al Quirinale.

I gesuiti si insediarono sul colle del Quirinale a partire dal 1565 grazie ad una donazione del vescovo di Tivoli che concedeva l’uso della chiesa parrocchiale di Sant’Andrea insieme con alcune piccole case ad essa adiacenti.

Di poco successiva è la donazione della duchessa di Tagliacozzo, Giovanna d’Aragona, la quale concesse ai gesuiti alcune proprietà che confinavano con Sant’Andrea, permettendo di costruire una nuova sede per il Noviziato. Su questi terreni si costruì una nuova chiesa sotto la direzione del gesuita-architetto Giovanni Tristano da Ferrara che venne consacrata il 2 febbraio del 1568 dal cardinale Marcantonio Colonna.

Le prime testimonianze che indicano il volere di ricostruire la chiesa del Tristano, a quanto pare buia e umida, sono riferite al cardinale Ludovico Ludovisi, nipote del pontefice Gregorio XV, il quale voleva erigere una chiesa nuova dedicata a Sant’Andrea e al neo canonizzato Francesco Saverio. I lavori tuttavia non cominciarono mai e solo nel 1647 si riprese il progetto di costruire una chiesa grande e sontuosa, sotto la guida del Borromini, ma anche questa realizzazione non ebbe seguito in quanto non si aveva piacere che un edificio grandioso andasse ad oscurare il palazzo del Quirinale.

Fu solo con l’intervento di papa Alessandro VII che si risolse la questione relativa all’opportunità di ricostruire una chiesa per il Noviziato dei Gesuiti al Quirinale e il progetto fu affidato a Gian Lorenzo Bernini.